Prérequis

Les participants devront apporter :

leur propre matériel informatique (PC portable, système d'exploitation indifférent) qui leur permettra de se connecter à l'infrastructure,
un jeu de données, en accord avec leur tuteur, qu'ils analyseront lors les séances "Tutorat" en fin de semaine (des jeux de référence en MS et RMN seront également disponibles sur l'infrastructure).

Lundi 21 septembre

11H00 - 12H30 : Accueil des participants

14H00 - 14H15 : Présentation de l'école

Intervenants : C. Caron, F. Giacomoni

14H15 - 15H15 : Tour de table

Présentation par les participants de leur cursus (2 minutes par stagiaire)

15H15 - 16H00 : Exposés introductifs

Intervenants : C. Caron, F. Giacomoni

Présentation des infrastructures nationales
- IFB (C. Caron)
- MetaboHUB (F. Giacomoni)
Exposé scientifique : Catherine Leblanc (UMR 8227)
- Interactions algues/herbivores : défense et signalisation chimique.

16H30 - 18H00 : Configuration des ordinateurs portables

Mardi 22 septembre

8H30 - 12H30 : TP Galaxy

Intervenants : G. Le Corguillé, M. Monsoor

Qu'est-ce que Galaxy ?
Découverte de l'interface
Les formats de données
Déposer ses données
Lancer un outil
Générer et éditer une chaine d'analyse
Partager ces données et sa chaine d'analyse

14H00 - 18H00 : Prétraitement des données

Intervenants : J.F. Martin pour le Groupe 1 (Yann, Alexis, Mélanie), M. Tremblay-Franco pour le groupe 2 (Cécile)

Groupe 1 : MS
- Extraction des signaux (xcmsSet)
- Alignement entre échantillons (group)
- Correction des temps de rétention (Retcor)
- Production de la matrice de résultats (diffreport)
- Annotation des Isotopes et adduits (CAMERA)
- Correction de dérive analytique et d'effet "batch"

Groupe 2 : RMN
- Bucketing et intégration
- Normalisation

Mercredi 23 septembre

8H30 - 12H30 : Normalisation et analyses statistiques

Intervenants : E. Thévenot (Mélanie, Marie, Gildas)

Formattage des données pour le post-processing (Mélanie, ~30 min)
Analyses univariées (Marie, Gildas, ~1h15)
Analyses multivariées : PCA, (O)PLS et (O)PLS-DA (Etienne, ~1h45).

14H00 - 18H00 : Découverte de la Station Biologique de Roscoff

Découverte de le Station Biologique de Roscoff
Sortie sur l'île de Batz

Jeudi 24 septembre

8H30 - 12H30 : Annotation

Intervenants : Y. Guitton (Alexis, Franck, Jean-François, Marion), C. Canlet (Rémi, Marie)

Groupe 1 : MS
- Le challenge de l'annotation : du m/z (du spectre) à la molécule.
- Interprétation des résultats CAMERA (les pcgrp),
- Utilisation avancée de CAMERA (les rules)
- Traitement d'exemples
  - Utilisation des briques d'interrogation de banques sur bases m/z (HR2Formula, HMDB, MassBank ...)
  - option 1 : Interrogation de banques sur base de spectres de masse - Golm pour la GCMS, MassBank pour GCMS/LCMS
  - option 2 : ProbMetab et annotation basée sur un réseau métabolique de référence.
Groupe 2 : RMN
- Challenge de l'annotation de spectres de mélanges
- Etat des lieux des méthodes ou logiciels existants
- Présentation de la méthode basée sur la comparaison avec des spectres de composés de référence
- Estimation des déformations
- Estimation des proportions
- Traitement d'exemples

14H00 - 18H00 : Tutorat

Analyse des données des participants

Vendredi 25 septembre

8H30 - 10H30 : Tutorat